我户口在贵阳清镇，我在遵义流转百多亩土地，

从法律角度，处理此问题常见方式有：一是咨询清镇工商部门了解注册要求；二是确保土地流转合同合法，明确经营地与实际注册地关系；三是若需异地经营，了解遵义当地对家庭农场的管理规定。选择时，应综合考虑注册便捷性、税务成本及两地政策差异。
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从法律角度，针对不同情况处理方式如下：
1. 若清镇工商部门允许以户籍地为注册地，且接受异地经营说明，可直接在清镇申请执照，但需保留好土地流转合同及遵义当地允许异地经营的证明。
2. 若清镇要求实际经营地与注册地一致，可考虑在遵义申请家庭农场执照，或调整经营策略，确保实际经营地在清镇。
3. 若两地政策均有限制，可考虑成立公司形式，通过公司注册来解决跨地域经营问题，同时遵守两地关于土地流转及公司管理的法律法规。具体操作时，需详细咨询两地工商、税务及农业部门，确保合法合规。
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可以在清镇申请家庭农场执照，但需满足条件。从法律角度看，家庭农场注册需与经营者户籍一致，若土地流转合法且能证明实际经营地在遵义不影响执照申请，但可能涉及两地工商、税务等部门协调。若执照申请被拒或土地权益受损，表明问题严重，应及时咨询律师。